研究院下设机构

研究院目前组建了由9个学科加盟的，以PI为核心，高水平博士后，博士、硕士研究生为骨干的18个研究中心及15个管理/服务机构，全面开展面向政府、医疗机构和行业企业的健康和临床数据科研服务。

在基础理论方法与技术研究方面，组建了大数据多方计算、大数据因果推断、跨组学大数据、队列大数据关键技术、大数据核心技术、大数据超算资源管理、大数据智能感知与计算、生物信息大数据、医院数据治理与分析等研究中心。

大数据多方计算研究中心

运动健康大数据中心

微生物组学研究中心

数字健康中国研究中心

大数据核心技术研究中心

医院数据治理与分析中心

大数据因果推断研究中心

跨组学大数据研究中心

队列大数据关键技术研究中心

癌症早诊早治大数据研究中心

脊柱脊髓疾病大数据研究中心

生物信息大数据研究中心

大数据智能感知与计算研究中心

药物大数据研究中心

妇女儿童健康大数据研究中心

精神卫生大数据中心

整合健康管理&健康保险技术研发中心 

生物安全大数据研究中心

为各研究中心科研和转化工作的顺利开展，研究院配置了包括人才引育办公室、项目管理与合作办公室、医学数据伦理与法学研究中心、数据安全管理办公室、交叉学科管理与双创中心、交叉学科双创实践基地、山东省健康医疗大数据科技创新平台、山东省医养结合智库、济南临床数据研究管理中心和千医、省立等多个临床医院的大数据管理中心。

签署各类合作科研协议7项，制定相关管理和服务制度14项。

引进两个国家级学科平台：国家自然科学基金委重大集成项目合作基地（李立明教授），中国人类表型研究协作组成员单位（金力院士）。